永历十九年的秋天，对南直隶的军营而言，是肃杀的，也是滚烫的。肃杀来自“护漕营”事件后高悬各营辕门的首级，以及紧随其后的严厉清算与限期整改令；滚烫则来自新饷按时、足额发放带来的温度，以及“腊月大计，不过则裁”这柄高悬头顶的利剑带来的焦灼与动力。
“整军诏”引发的飓风，在经历最初的混乱、抵触、流血冲突后，开始展现出其狂暴的涤荡之力。教导总队如同三百颗烧红的铁钉，深深楔入各地营卫腐朽的躯壳，带来灼痛，也带来淬炼的可能。督理大臣万元吉坐镇南京，手握尚方剑与监国特旨，会同兵部、户部、工部及靖安司，如同一部高效而冷酷的机器，全力推动着整军进程。核查、汰革、发饷、补械、操练……一项项在以往难以想象的举措，以前所未有的力度和速度推行着。
十月末，督理衙门第一次阶段性汇总，初步数据出炉。
原本纷乱如麻、真假难辨的南直隶各营卫兵额，经过数月近乎残酷的核查、点验、对质，终于被强行挤干了大部分水分。十四府及直隶诸卫、所、营、镇，在册兵额原报总计约二十二万七千有奇。经过此番汰革，剔除重复占役、老弱不堪、空额虚冒，初步核实堪战可用之兵（包括战兵、守兵、辅兵），为十四万五千余人。汰革比例超过三成！这其中，南京京营、江防水师等核心部队，因之前已有一定整顿基础，汰革约两成；而外地卫所、地方营兵，汰革率普遍在三到四成，尤以沿江某些“护漕”、“巡盐”等杂役营为甚，如已被裁撤的庐州护漕营，汰革率竟高达六成。
汰革下来的近八万“兵”，去向各异：部分被证实为彻底的空额，自然勾销；部分老弱不堪者，发放少量遣散银，令其归家务农或由地方安置；部分兵油子、兵痞，或充入劳役，或递解回籍严加管束；少数罪行显着如欺压良善、克扣军饷、与匪盗勾结者，则依律惩处。整个过程，伴随着哭嚎、贿赂、威胁乃至小规模骚动，但在督理衙门的强硬态度、教导总队的现场弹压以及“护漕营”血淋淋的榜样下，最终大体平稳完成。被裁撤的营头，共计十七个，多为空额严重、不堪整顿或公然对抗的杂牌、卫所。
十四万五千余经过初步筛选的兵丁，开始按照新饷章领取饷银。 饷银由督理衙门会同户部设立的专门渠道，绕过层层经手官吏，尽可能直接拨付到营，由教导队会同主官、兵丁代表共同监督发放，并张榜公布。尽管仍有极少数胆大妄为者试图染指，但在严刑峻法（数月来，因克扣新饷被革职、杖责、乃至下狱的军官、胥吏已有数十人）的威慑下，新饷的发放总体顺畅。当实实在在的银钱、米粮拿到手中，许多面有菜色、衣衫褴褛的兵丁，第一次感受到了“当兵吃粮”的实在感，麻木的眼神里，开始有了些微光彩。士气，这种看似虚无缥缈却至关重要的东西，在实打实的粮饷刺激和相对公平的待遇下，开始缓慢地复苏。
装备的更新与补充，是另一项耗费巨大但成效显着的工作。 金陵军械局开足马力，工匠日夜赶工。同时，督理衙门行文各地，严令修缮库存军械。教导总队中精通器械的官兵，发挥了巨大作用，他们指导甚至亲自参与修缮刀枪、弓弩、甲胄。数月间，各营卫刀枪、甲胄的堪用率，从原先平均不足五成，提升至七成以上。变化最大的是火器。督理衙门优先为那些整训积极、成效显着的营头，配发新式燧发火铳和轻型火炮。截至十月底，各营卫合计补充、修缮、新造各类火铳约八千杆，其中新式燧发铳约两千杆；大小火炮约三百门。尽管对于十几万大军而言，这个数量仍显不足，且分布不均（主要集中于南京京营、江防水师及镇江、扬州等整训重点地区），但已初步改变了以往火器严重短缺、朽坏不堪的局面。教导总队的火器教官们，在各营开设临时教场，从最基础的保养、装填、瞄准教起，笨拙但执着的操练声，开始在许多沉寂已久的校场上响起。
操练，是检验整军成果最直接的标尺，也是教导总队工作的核心。 新编操典被强制推行。每日闻鼓而起，列队点卯，出操习练。从最基础的站立行止、左右转向，
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